在旅(lǚ)行(xíng)的列车上，美(měi)雪(xuě)（铃木杏(xìng) 饰）再(zài)次邂逅(hòu)了金田一（松(sōng)本润(rùn) 饰），并追(zhuī)随(suí)于他。同伴(bàn)用手(shǒu)中的DV记(jì)录着(zhe)发生(shēng)的一切(qiè)。某(mǒu)夜(yè)，一个木偶团长不幸(xìng)被害(hài)。案发后，警(jǐng)探发现他原(yuán)本在车厢(xiāng)里(lǐ)的尸(shī)体不翼(yì)而(ér)飞，于是引(yǐn)起(qǐ)了一阵(zhèn)骚(sāo)乱(luàn)。探长决(jué)定在一家(jiā)酒店(diàn)🏨暂(zàn)时(shí)住(zhù)下，找(zhǎo)寻(xún)犯(fàn)罪(zuì)嫌疑人，金田一等(děng)人也(yě)一同前(qián)往。后来(lái)，根据案情(qíng)，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想(xiǎng)通(tōng)过(guò)体重(zhòng)以缩(suō)小(xiǎo)搜查(chá)范围(wéi)。但(dàn)是，一个女成员的意(yì)外死亡，却(què)让(ràng)金田一发现了隐(yǐn)藏(cáng)的秘(mì)密(mì)，并由(yóu)此(cǐ)揭(jiē)开(kāi)了一桩(zhuāng)尘(chén)封多(duō)年(nián)的旧(jiù)案真(zhēn)相(xiāng)……本片(piàn)根据天(tiān)树(shù)征(zhēng)丸的漫(màn)画(huà)改(gǎi)编(biān)，除上述(shù)特别版(bǎn)魔术列车杀人事件外，还(hái)包(bāo)括以下6个事件，分(fēn)别为(wèi)幽(yōu)灵(líng)客(kè)船(chuán)杀人事件、法(fǎ)兰西银(yín)币(bì)杀人事件、黑死蝶杀人事件、速(sù)水玲(líng)香(xiāng)诱拐(guǎi)杀人事件、魔术的森(sēn)杀人事件和(hé)露(lù)西亚(yà)人形(xíng)杀人事件。