在太一一行(xíng)人告(gào)别(bié)数码世界后，数码世界并没有就此(cǐ)关闭朝(cháo)向(xiàng)人类的大门(mén)，而数码世界的内部却没有太平多少(shǎo)时日(rì)，就又(yòu)开始了纷(fēn)争(zhēng)。数码世界急(jí)需(xū)一批被选中的孩子来(lái)维(wéi)护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素(sù)娜(nà)等人都(dū)已(yǐ)先(xiān)后成为了初(chū)中生，没有太多精力和时间(jiān)能(néng)够(gòu)和数码宝贝们一起并肩(jiān)作战，只(zhǐ)有阿武和小(xiǎo)光(guāng)成为了新一代的领头(tóu)人。被选中的孩子有本(běn)宫(gōng)大辅(fǔ)（木(mù)内玲(líng)子 配音）、井(jǐng)之(zhī)上(shàng)京(jīng)（夏树莉绪(xù) 配音）、火(huǒ)田(tián)伊(yī)织(zhī)（夏树惠(huì) 配音）等人，和他(tā)们一同战斗(dòu)的除(chú)了亚(yà)古(gǔ)兽、加(jiā)布(bù)兽等，还(huán)有新的数码宝贝参(cān)与(yǔ)。于(yú)是(shì)，在第(dì)一代数码人的带(dài)领下(xià)，新的数码宝贝和守护者(zhě)们开始了同邪(xié)恶(è)势(shì)力的作战……