2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规(guī)模义体改造的武(wǔ)装分(fēn)子的入(rù)侵，众多(duō)外国使节(jié)及(jí)其(qí)同侪(chái)眷(juàn)属沦(lún)为人质(zhì)，事态(tài)十(shí)万火(huǒ)急(jí)。草(cǎo)薙(tì)素子（坂本真(zhēn)绫 配音）召(zhào)集(jí)巴(bā)特(tè)（松(sōng)田健(jiàn)一郎 配音）、陀(tuó)古萨(sà)（新垣(yuán)樽(zūn)助 配音）等得力(lì)属下(xià)，并(bìng)制定(dìng)了(le)周(zhōu)密的营救(jiù)计划(huà)。谁(shuí)知当一切都(dōu)按(àn)部就(jiù)班(bān)进行之时，意(yì)外突然发生。与(yǔ)此同时，距(jù)离大使馆不(bù)远(yuǎn)的一座(zuò)摩(mó)天大楼内，日本首(shǒu)相(xiāng)遭到密码(mǎ)箱(xiāng)炸弹(dàn)的暗(àn)杀(shā)，素子之前的上(shàng)司(sī)陆(lù)军501机关的机关长(zhǎng)库(kù)露兹（浅野麻由(yóu)美 饰(shì)）也在爆(bào)炸中丧生。经过缜密追(zhuī)查(chá)，素子等人发现一种能够篡改记(jì)忆(yì)的病毒(dú)正(zhèng)在网络(luò)蔓(màn)延(yán)，而(ér)她(tā)的身世居然和(hé)一连(lián)串(chuàn)的事件有着(zhe)密切联系。危机当前，阴(yīn)谋悄(qiāo)然复(fù)出(chū)水面(miàn)……　　本片根据士郎正(zhèng)宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周(zhōu)年纪念作品